Na dłuższą metę użytkowanie Windows 2000 może okazać się tańsze niż Linuxa. Na poparcie tej kontrowersyjnej tezy IDC przytacza wyniki ankiety przeprowadzonej wśród dyrektorów IT ponad setki amerykańskich organizacji korzystających z komercyjnych i bezpłatnych systemów operacyjnych.

Na niekorzyść Linuxa przemawiają głównie koszty związane z zatrudnieniem dodatkowego personelu do administrowania systemem. W przeprowadzonym badaniu IDC określiła pięć "scenariuszy IT". W czterech z nich - obejmujących serwery plików, serwery wydruku, infrastrukturę sieciową i systemy bezpieczeństwa - porównanie całkowitego kosztu utrzymania (TCO) w ciągu pięciu lat wypada na korzyść Windows 2000. Oszczędności wynikające z wyboru systemu Microsoftu sięgają nawet 20%. Na wyższy TCO w przypadku Linuxa składa się wynagrodzenie administratorów oraz wydatki na szkolenia i usługi wsparcia oferowane firmy przez zewnętrzne. Stanowią one ponad 60% TCO.

Według analityków IDC stosowanie Linuxa ma ekonomiczne uzasadnienie jedynie w obszarze serwowania stron internetowych. Ma na to wpływ przede wszystkim dostępność bezpłatnego serwera Apache. Jednak IDC zastrzega się, że koszt wskazany w badaniach TCO nie powinien być jedynym czynnikiem wpływającym na wybór systemu operacyjnego. Wątpliwości co wniosków do raportu IDC wyrazili analitycy innej znanej firmy zajmującej się badaniem rynku IT - Giga Information Group. Ich zdaniem wątpliwości budzą przede wszystkim szacunki IDC dotyczące udziału procentowego zakupu licencji i sprzętu w TCO. Giga przypomina, że w przeszłości IDC opublikowała raport, z którego wynikało, iż migracja z Unixa na platformę Linux może przynieść dwukrotnie wyższe oszczędności niż migracja na platformę Windows.