Niektóre instalatory darmowych i 14-dniowych wersji trial CCleaner są udostępniane z dołączonymi aplikacjami, w tym z aplikacjami, które nie są wymagane przez CCleaner lub są wyprodukowane przez tego samego wydawcę — Piriform. Podczas gdy dołączone aplikacje same w sobie są prawowite, dołączanie oprogramowania, zwłaszcza produktów od innych dostawców, może skutkować nieoczekiwaną aktywnością oprogramowania, która negatywnie wpływa na doświadczenia użytkowników. Aby chronić użytkowników Windows, Microsoft Defender Antivirus rozpoznaje instalatory CCleaner, które wykazują takie zachowanie, jako potencjalnie niechciane aplikacje (PUA).
— Microsoft
Instalatory oznaczone jako PUA mogą zawierać jedną z wymienionych poniżej aplikacji:
- Google Chrome
- Google Toolbar
- Avast Free Antivirus
- AVG Antivirus Free
W swojej "encyklopedii malware" Microsoft zaznacza przy tym, że w samodzielnej postaci są to normalne aplikacje, które nie wzbudzają reakcji ze strony Microsoft Defender Antivirus. Użytkownicy mimo wszystko mogą zdecydować się na instalację CCleanera, odznaczając opcje dodatkowych instalacji, gdyż w tym przypadku jest to możliwe.
Warto jeszcze przypomnieć, że w ubiegłym roku CCleaner trafił na czarną listę Microsoftu. Program nie może już być rekomendowany na forach Microsoft jako pomoc na problemy z PC. CCleaner zyskał też wcześniej złą sławę, gdy został przejęty, by dostarczał złośliwe oprogramowanie na komputery z Windows, a później wyszły na jaw jego problemy ze zgodnością z Windows 10.