Serwis CNET informuje, że Microsoft ma zamiar opatentować szereg funkcji związanych z platformą .NET. Przyjęcie jednego z wniosków w jego obecnej postaci spowoduje, że własnością Microsoftu staną się wszelkie interfejsy programowania aplikacji (API) zawierające funkcje związane z dostępem do sieci, obsługą języka XML i zarządzaniem danymi pochodzącymi z wielu źródeł. Eksperci od prawa dotyczącego własności intelektualnej uważają, że zdobycie takiego patentu pozwoli firmie na kontrolowanie, kto i na jakich warunkach będzie mógł uzyskać dostęp do usług .NET.
Pewnym uspokojeniem dla zwolenników oprogramowania Open Source może być wypowiedź osoby związanej z organizacją W3C (World Wide Web Consortium) - twierdzi ona, że w przeszłości Microsoft zgadzał się na nieodpłatne udostępnianie swych opatentowanych technologii. Nie brakuje jednak komentatorów wyrażających obawy co do przyszłych zamiarów tej firmy - zwłaszcza względem konkurencyjnych dla .NET-u projektów, takich jak Mono.